W zakresie w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. W przypadku, gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego podatnik ma prawo do obniżenia o te różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Zwrot dokonywany jest na wniosek podatnika.

Wniosek o zwrot a także wskazanie terminu zwrotu następuje poprzez złożenie deklaracji za dany okres rozliczeniowy. Podstawowy termin zwrotu różnicy podatku wynosi 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Na wniosek podatnika podstawowy termin zwrotu może ulec skrócenia z 60 do 25 dni od dnia złożenia deklaracji, pod warunkiem, że kwoty podatku naliczonego wykazane w tej deklaracji podatkowej zostały w całości zapłacone.

Także podatnik, który w danym okresie rozliczeniowym nie wykonał czynności opodatkowanych podatkiem VAT, może otrzymać, na umotywowany wniosek, zwrot wykazanego w deklaracji podatku naliczonego od dokonanych zakupów, jednak zwrot ten, co do zasady, przysługuje mu w ciągu 180 dni, licząc od dnia złożenia deklaracji. Natomiast termin ten może zostać skrócony do 60 dni, pod warunkiem, że podatnik złoży pisemny wniosek w tej sprawie oraz ponadto złoży zabezpieczenie majątkowe w wysokości odpowiadającej kwocie wnioskowanego zwrotu podatku.