Jeśli koszty uzyskania przychodu przekraczają sumę przychodów osiągniętych w danym roku, w zeznaniu rocznym wykazuje się stratę podatkową. Ta kwota może zostać rozliczona w ciągu kolejnych 5 lat podatkowych. Rozliczenie polega na pomniejszeniu dochodu osiągniętego w danym roku o maksymalnie 50% wartości wykazanej wcześniej straty (art. 9 ust. 3 ustawy o pdof). Jeśli dochód uzyskany w kolejnych latach będzie za mały i nie pozwoli na rozliczenie całości straty, niewykorzystana kwota do rozliczenia przepada, podatnik nie ma możliwości odzyskania jej w inny sposób.

Strata podatkowa może zostać rozliczona tylko w ramach źródła, z którego powstała. Oznacza to, że jeżeli podatnik posiada kilka źródeł przychodów, z których jedno w poprzednich latach wygenerowało znaczą stratę, ta kwota nie pomniejszy dochodów uzyskanych z pozostałych źródeł.

W przypadku, gdy strata z danego roku podatkowego została rozliczona w kolejnym roku podatkowym, dokumenty za rok, w którym wykazano stratę, należy przechowywać do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za rok, w którym strata została odliczona.

Przykład: Podatnik w 2009 roku poniósł stratę podatkową. Ponieważ w późniejszym okresie osiągał niskie dochody, strata była rozliczana przez 5 kolejnych lat (ostatni raz w 2014 roku). Termin przechowywania dokumentów z 2009 roku upłynął z końcem 2015 roku, ale w związku z tym że jeszcze w 2014 roku rozliczono stratę z 2009 roku, termin przechowywania tych dokumentów wydłuża się aż do końca 2020 roku. Dlatego też organ kontrolujący rok podatkowy, w którym rozliczono stratę, może zażądać okazania dokumentów z roku, w którym poniesiono stratę.